通过外部应用程序调用函数，无需打开新的 Matlab 实例。

如果你按照你所描述的方式从命令行启动 MATLAB 并使用 -r 选项，那么它将始终像你所描述的那样启动新实例。我认为没有绕过这个的方法。

如果您正在从 C/C++ 应用程序调用 MATLAB，则 MATLAB 提供 MATLAB 引擎接口，它将连接到任何正在运行的 MATLAB 实例。

否则，您所提到的 MATLAB Automation Server 接口是正确的方法。如果您发现它很复杂，我建议您发布一个单独的问题，详述您尝试过的和遇到的困难。

为了完整起见，我会提到 MATLAB 还有 未经记录的 接口 , 可以直接从 Java 调用-然而, 由于它是未记录的，所以很难正确使用，而且会因版本而变化，因此您不应该依赖它。

编辑：从 R2014b 开始，MATLAB 提供了 MATLAB 引擎的 Python 版本，可以通过它从 Python 脚本自动化 MATLAB。从 R2016b 开始，还有 MATLAB 引擎的 Java 版本。如果之前有人考虑过上面提到的未记录的 Java 技术，现在应该使用这种方法。

在这里介绍了几种方法，其中有一种解决方法可以减少多次调用 Matlab 的执行时间。其想法是在一个 Matlab 会话中多次运行自定义函数。

例如，定义 myRand.m 函数如下：

function r = myRand(a,b)
r = a + (b-a).*rand;

在 Matlab 命令窗口中，我们可以生成如下单行命令：

S = [1:5; 1:5; 101:105];
cmd_str = sprintf('B(%d) = myRand(%d,%d);', S)

它会生成以下命令字符串 B(1) = myRand(1,101);B(2) = myRand(2,102);B(3) = myRand(3,103);B(4) = myRand(4,104);B(5) = myRand(5,105);，然后可以在单个 Matlab 会话中使用以下命令执行：

matlab -nojvm -nodesktop -nosplash -r "copy_the_command_string_here";

其中的一个限制是您需要连续运行 4000 次函数调用。

基于 @Ilya Kobelevskiy 的不工作但经过深思熟虑的想法，以下是最终解决方法：

function pipeConnection(numIterations,inputFile)

    for i=1:numIterations

        while(exist('inputfile','file'))

            load inputfile;
            % 读取inputfile -> inputdata
            output = myFunction(inputdata);

            delete('inputfile');
        end

        % 将输出写入文件
        % 调用外部应用程序处理输出数据
        % 生成新的inputfile

    end;

另一个方便的解决方法是编译Matlab函数的可执行文件：

mcc -m myfunction

使用cmd运行这个.exe文件：

cd myCurrentDirectory && myfunction.exe parameter1 parameter2

需要注意的是，现在将参数作为字符串传递，原来的.m文件需要做出相应的调整。

更进一步的说明：

• 我想Matlab仍然需要安装在系统上，尽管不需要运行它。
• 我不知道这种方法受限于底层函数的复杂性有多大。
• 和问题中初始方法相比，加速相对较小。

我喜欢 Magla 提出的方法，但考虑到你对其评论中所述的限制，它可以改进为仍然在一个 Matlab 会话中运行单个函数。

思路是将您的输入和输出导入到管道中。对于输入，您可以检查某个输入文件是否存在，如果存在，则从中读取函数输入，进行处理，将输出写入另一个文件以向脚本/函数处理结果的信号，表明 Matlab 函数已经完成并正在等待下一轮输入。

使用磁盘文件非常简单，通过花费一些努力，可能也能够通过内存磁盘实现（即在 RAM 中打开输入/输出文件）。

function pipeConnection(numIterations,inputFile,outputFile)

for i=1:numIterations

while(!isfile(inputFile))
sleep(50);
end;

% Read inputs

output = YourFunction(x,y,z);

% Write output to file, go to next iteration

end;
return;

如果迭代次数在开始时未知，则也可以在输入文件中编码退出条件，而不是立即指定迭代次数。