将源shell脚本包含在lua模块文件中

我正在尝试为集群上安装的应用程序创建模块文件。要运行该程序,我必须运行一个名为“phenix_env.sh”的脚本,其中包含以下内容:

#!/bin/sh
#
export PHENIX="/src/phenix-1.19.2-4158"
export PHENIX_VERSION=1.19.2-4158
. $PHENIX/build/setpaths.sh

而“setpaths.sh”包含以下内容

# THIS IS AN AUTOMATICALLY GENERATED FILE.
# DO NOT EDIT! CHANGES WILL BE LOST.
ocwd="`pwd`"
if [ -n "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT" ]; then
  cd "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT"
  LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT=
  export LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT
elif [ -n "$BASH_SOURCE" ]; then
  LIBTBX_BUILD=`dirname "$BASH_SOURCE[0]"`
  cd "$LIBTBX_BUILD"
else
  cd "/util/opt/phenix/1.19.2/gcc/9.1/phenix-1.19.2-4158/build"
fi
LIBTBX_BUILD=`pwd -P`
export LIBTBX_BUILD
LIBTBX_OPATH="$PATH"
export LIBTBX_OPATH
PATH="$LIBTBX_BUILD/bin:$PATH"
export PATH
# DIALS_ENABLE_COMMAND_LINE_COMPLETION
[ -n "$BASH_VERSION" ] && {
 source $(libtbx.find_in_repositories dials/util/autocomplete.sh) && source $LIBTBX_BUILD/dials/autocomplete/bash.sh || echo dials command line completion not available
}
cd "$ocwd"
ocwd=
alias libtbx.setpaths_all=". \"$LIBTBX_BUILD/setpaths_all.sh\""
alias libtbx.unsetpaths=". \"$LIBTBX_BUILD/unsetpaths.sh\""
if [ -n "$LIBTBX_OPATH" ]; then
  LIBTBX_TMPVAL="$LIBTBX_OPATH"
else
  LIBTBX_TMPVAL=
fi
export LIBTBX_TMPVAL
PATH=`libtbx.path_utility prepend LIBTBX_TMPVAL "$LIBTBX_BUILD/bin" < /dev/null`
export PATH
if [ "$PATH" = "L_I_B_T_B_X_E_M_P_T_Y" ]; then unset PATH; fi
LIBTBX_TMPVAL=
LIBTBX_OPATH=
LIBTBX_BUILD=

有什么好主意可以为它创建模块文件吗?

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用户1847592
用户1847592

你不能。

Lua 在子 shell 中执行 shell 脚本。

这意味着所有的 cdexport 命令只会影响子 shell,而不是运行 Lua 脚本的父 shell。

换句话说,在从 os.execute 返回后,你的更改将被撤消。

如果你被允许 require() 一个用 C 编写的 Lua 模块,你可以通过它来解决这个问题。

你需要一个提供 os 原生函数的包装器的模块,用于更改当前目录和设置环境变量。

2021-05-06 12:21:24
用户9981498
用户9981498

最近版本的 Environment Modules(>=4.6)中,sh-to-mod 子命令允许您生成一个 modulefile,其中包含作为参数传递的脚本所做的环境更改。

$ module sh-to-mod sh ./phenix_env.sh
#%Module
prepend-path    PATH /home/user/bin
set-alias       libtbx.setpaths_all {. "/home/xa/setpaths_all.sh"}
set-alias       libtbx.unsetpaths {. "/home/xa/unsetpaths.sh"}
setenv          LIBTBX_BUILD {}
setenv          LIBTBX_OPATH {}
setenv          LIBTBX_TMPVAL {}
setenv          PHENIX /src/phenix-1.19.2-4158
setenv          PHENIX_VERSION 1.19.2-4158

请注意,这里得到的结果并不完全准确,因为我只是复制了您描述的脚本,而我没有安装称为 phenix 的软件来完全设置环境。

另请参见此答案:如何自动为 Intel 编译器生成 modulefile

2021-05-06 18:34:06